Organami Agencji określonymi w ustawie są Prezes Agencji i Rada Nadzorcza Agencji.
Radę Nadzorczą Agencji Mienia Wojskowego powołuje Minister Obrony Narodowej w porozumieniu z ministrem właściwym do spraw Skarbu Państwa.
Skład Rady Nadzorczej AMW
- Przewodniczący Rady Nadzorczej AMW - Pan Otto Cymerman - przedstawiciel Ministra Obrony Narodowej
- Zastępca Przewodniczącego - Pani Grażyna Żywiecka - przedstawicielka Ministra Finansów
Członkowie Rady Nadzorczej:
- Pan Hubert Królikowski - przedstawiciel Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji
- Pan Franciszek Adamczyk - przedstawiciel Ministra Skarbu Państwa
- Pani Danuta Demianiuk - przedstawicielka Ministra Obrony Narodowej
- Pan Grzegorz Lipiec - przedstawiciel Ministra Obrony Narodowej
- Pan Krzysztof Sikora - przedstawiciel Ministra Obrony Narodowej
Do obowiązków Rady należy w szczególności:
- nadzorowanie wykonywania przez Agencję jej statutowych zadań, w tym zwłaszcza w zakresie przejmowania, utrzymywania i porządkowania stanu prawnego oraz prowadzenia ewidencji i zagospodarowania Mienia a także w zakresie prowadzenia na rzecz urzędu obsługującego Ministra ON oraz jednostek organizacyjnych podległych Ministrowi ON postępowań o udzielenie zamówień publicznych oraz zawierania umów wynikających z tych postępowań;
- opiniowanie rocznego planu finansowego Agencji, przedkładanego Radzie Ministrów;
- wybór biegłego rewidenta do przeprowadzenia badania sprawozdania finansowego Agencji;
- opiniowanie rocznego sprawozdania finansowego i sprawozdania z działalności Agencji, przedstawianego Radzie Ministrów;
- przedkładanie opinii w sprawie rocznego planu finansowego i rocznego sprawozdania finansowego Agencji, Ministrowi Obrony Narodowej i ministrowi właściwemu do spraw Skarbu Państwa;
- nadzorowanie gospodarki finansowej Agencji;
- występowanie do Prezesa Agencji z wnioskami i inicjatywami w sprawach dotyczących działalności Agencji;
- podejmowanie uchwał w sprawie udzielenia Prezesowi Agencji absolutorium z wykonania obowiązków w okresie objętym rocznym sprawozdaniem finansowym;
- rozpatrywanie wniosków Prezesa Agencji.